لكن هذه "المغريات" قد تنطوي على مخاطر اكبر، حيث ان من سلبيات البنوك الرقمية، هو صعوبة تحديد حجم السيولة لأي بنك الكتروني، حيث لا يمكن معرفة أو حصر تعاملات البنك الداخلية والخارجية ، وكذلك سهولة الإضرار بالاقتصاد الوطني لأي دولة، حيث لا يمكن مراقبة هذه البنوك بشكل كبير، ومكن إجراء التحويلات المالية فقط بضغطة على أحد أزرار الهاتف.

ومن السلبيات أيضا، سهولة الوقوع كضحية لعمليات احتيالية عن طريق تزوير بعض البطاقات، ويمكن لمحترف تقني في الحاسبات أن يخترق الحسابات أو يقوم بنسخ معلومات أشخاص آخرين، ما يمكن من خروج المعلومات من إطارها السري.

ومن المتوقع دائما حدوث خطأ تقني يمكنه عرقلة عمل البنك كله وتعرض حسابات الأشخاص للفقد، كما يمكن لفيروس ان يخترق هذا النظام ويعطله.

فضلا عن ذلك هنالك مخاطر قانونية، فالكثير من العمليات المصرفية الرقمية طور التطوير مثل التراخيص والتوقيعات والعقود الرقمية ولا توجد تشريعات واضحة بهذا الخصوص لذلك يصعب إثباتها، بالإضافة الى مخاطر غسل الأموال التي تنشط بشكل كبير في البنوك الرقمية.